Jan Bodnár se dlouhodobě věnuje oblasti zdravotnictví a reforem zdravotních systémů. Několik let působil jako ředitel Odboru Evropských fondů na Ministerstvu zdravotnictví ČR, kde se zabýval mimo jiné evropskou spoluprací a strukturálním financováním zdravotnictví, dále vedl Odbor strategických analýz a řízení rizik ve VZP ČR, ve stejné organizaci řídil největší regionální pobočku VZP ČR pro Prahu a Střední Čechy a nyní zastává funkci náměstka pro zdravotní péči ve VZP ČR.